Os trabalhos que deram início a Segunda Igreja Presbiteriana de Rio Claro começaram no final de 1928, em uma sala alugada no bairro de Vila Aparecida, sob a liderança do Professor Abdiel Lopes Monteiro e sua esposa Cinira Lopes Monteiro, membros da Primeira Igreja Presbiteriana de Rio Claro, sob a supervisão do conselho e do então Pastor Reverendo Antônio Marques da Fonseca Junior.
Em 12 de Julho de 1932, os cultos começaram a ser realizados no templo recém-construído na Rua 1ª Nº 715, onde atualmente, depois de várias ampliações e modificações arquitetônicas, se encontra ainda a igreja.
Em 22 de Outubro de 1950, no pastorado do Reverendo Paschoal Luiz Pitta; foi organizada a Segunda Igreja Presbiteriana de Rio Claro com pouco mais de 70 membros adultos (comungantes) e 30 crianças (não comungantes).
A Igreja então organizada constava basicamente de famílias de ferroviários, que muito se dedicaram para que o evangelho frutificasse no solo rio-clarense. Dinâmica e comprometida com os valores do reino o evangelho se expandiu vertiginosamente, fazendo dessa comunidade uma das referências regionais no presbiterianismo. Homens e mulheres comprometidos com Deus; muito contribuíram para o crescimento e fortalecimento do presbiterianismo em nossa cidade.
Desde sua organização vários pastores deram a sua contribuição para expansão do reino; A saber:
Em 1950 foi dirigida pelo Reverendo Paschoal Luiz Pitta; que acumulou o cargo de pastor da Primeira Igreja Presbiteriana de Rio Claro e da Segunda.
De 1951 a Fevereiro de 1955 – Reverendo H. Aldrovandi Junior.
De Julho de 1954 a Fevereiro de 1955 – Reverendo L. Braga.
De Março de 1955 a 1965 – Reverendo Raimundo Loria.
De 1966 a 1978 – Reverendo Francisco Moreira Junior.
De 1979 a 1989 – Reverendo Dirceu Xavier de Mendonça.
De 1990 a 1993 – Reverendo Adolfo Potenciano.
De 1994 a 1996 – Reverendo Gilmar Bueno da Silva.
De 1997 a Janeiro de 1999 – Reverendo M. Jorge Pereira Junior.
De Março a Dezembro de 1999 – Reverendo Clemilton Alves de Mello (Atos pastorais).
De 2000 a 2005 – Reverendo Dirceu Alves da Silva.
De 2006 a 2010 – Reverendo Silas Tscherne.
De 2011 a 2013 – Reverendo Paulo Marcio Paiva.
De 2016 a 2017 – Reverendo José E. de Claudio (Pr. Auxiliar).
Desde 2014 a Comunidade tem sido dirigida pelo Reverendo Wagner Aparecido dos Santos